Der Rote Apollofalter ist sowohl in der Roten Liste Baden-Württembergs als auch in Deutschland als vom Aussterben bedroht eingestuft. Es ist eine charakteristische Art felsiger Extremstandorte an denen die Raupennahrungspflanze, der Weiße Mauerpfeffer, vorkommt. Wesentliche Rückgangsursache ist ein Überschatten der Raupenhabitate z.B. durch ein Zuwachsen von Felsköpfen. Durch Nährstoffeintrag etwa durch Laub oder Stickstoffimmissionen kann der Weiße Mauerpfeffer durch konkurrenzstärkere Pflanzen verdrängt werden. Auch der Rückgang von intensiv beweideten Magerrasen führt zu einem Verbuschen von Raupenhabitaten.
In der Nähe des letzten einigermaßen stabilen Vorkommens bei Blaubeuren wurde 2019 eine 0,7 Hektar große Geröllfläche angelegt. Seitdem wurden immer wieder Polster des Weißen Mauerpfeffers aus der Umgebung eingepflanzt. Das Ziel ist es auf der Fläche einen Massenbestand des Raupennahrungspflanze zu entwickeln, damit so die Population des Apollofalters stabilisiert werden kann.
